O acervo do Museu Oceanográfico Univali reúne coleções excepcionais em diversos grupos de grande importância científica, destacando a maior coleção de conchas da América Latina, com 88.813 amostras que incluem as duas conchas mais procuradas por colecionadores no mundo; a maior coleção de mamíferos marinhos do Brasil, com 708 lotes que incluem baleias, golfinhos, focas, lobos e leões marinhos de diversas espécies; a maior coleção da América Latina de tartarugas marinhas, com 644 lotes; a maior coleção de elasmobrânquios (tubarões e raias) da América Latina e a quarta maior do mundo, com 5017 espécimes que incluem exemplares raríssimos e únicos em nosso continente.
Atualmente, este acervo é referência para diversas atividades de cunho didático e de pesquisa, incluindo trabalhos de graduação, mestrado e doutorado, além de artigos científicos publicados em periódicos especializados nacionais e estrangeiros. Um dos objetivos do museu é desenvolver coleções de referência que representem o maior número possível de táxons e que possibilitem pesquisas taxonômicas modernas sobre a fauna marinha. A maior parte do acervo do MOVI é composta por animais marinhos da fauna Brasileira, especialmente aqueles do sul do Brasil.
O Museu Oceonográfico Univali, ganhou novas instalações no Campus Univali de Piçarras em um prédio amplo e moderno que permite excelentes condições de curadoria. Além disso está montando uma exposição oceanográfica que terá 1000m2, uma das maiores do Brasil, o que somado a todas as demais áreas do museu atinge aproximadamente 4000m2 de área construída, um dos maiores museus de história natural da América Latina e o terceiro maior museu oceanográfico do mundo.
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